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[2026 IPA 시리즈 제3편] UMAP까지는 그렸는데, 그 다음이 막혔다면 — scRNA-seq 클러스터를 '조절하는' Upstream Regulator

UMAP은 일종의 “단체 사진”입니다. 수십만 개의 세포를 한 장의 사진처럼 평면 위에 펼쳐 놓으면, 성격이 비슷한 세포들끼리 자연스럽게 무리를 지어 모입니다. 한 장의 사진 속에서 누가 어느 그룹에 속해 있는지, 그룹이 몇 개나 되는지, 누가 누구와 가까이 서 있는지를 한눈에 알아볼 수 있는 것과 같죠. UMAP 이미지(출처: AI 생성 이미지(Nano Banana 2 활용)) 그런데 단체 사진이 말해주지 않는 것도 있습니다. 사진은 “지금 이 사람들이 이렇게 모여 있다”는 결과를 보여줄 뿐, 누가 이 모임을 주도했는지, 각 그룹 안에서 어떤 신호가 오가는지, 무엇이 이들을 이 자리에 불러 모았는지는 설명하지 못합니다. scRNA-seq 분석에서도 비슷한 지점에서 멈춰 서기 쉽습니다. 클러스터는 깔끔..

2026. 7. 30.

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[2026 IPA 시리즈 제2편] 수백 개 DEG 중 '진짜'를 찾는 법 — BioProfiler로 바이오마커 후보 좁히기

유전자는 많은데, 어디서부터 봐야 하죠?RNA-seq 분석을 끝내면 통계 필터를 통과한 차등발현 유전자(DEG)가 수십 개에서 수백 개씩 쏟아집니다. 하지만 이 리스트 자체는 “무엇이 변했는가”만 알려줄 뿐입니다. 그 변화가 어떤 생물학적 의미를 갖는지, 어떤 경로와 연결되는지, 나아가 진단·예후·치료 반응과 관련된 바이오마커 후보로 발전할 수 있는지는 별도의 해석이 필요합니다. 그렇다면 실제 연구에서는 수백 개 DEG를 어떻게 바이오마커 후보까지 좁혀갈까요? 어디서부터 시작해야 할까(출처: AI 생성 이미지(Gemini 활용)) 이번 글에서는 신종 과불화화합물(PFAS)인 PFESA-BP2가 간세포암(HCC) 위험에 미치는 영향을 분석한 최근 논문을 따라가 보겠습니다. 연구진이 수백 개 DEG에서..

2026. 7. 22.

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[2026 IPA 시리즈 제1편] 내 오믹스 데이터, '리스트'에서 '발견'으로: IPA로 읽는 생물학적 해석

RNA-seq 분석을 마치면 가장 먼저 마주하는 것은 긴 유전자 목록입니다. 수백 개의 DEG가 fold change와 p-value 기준으로 정리되어 있고, 어떤 유전자는 크게 올라가고, 어떤 유전자는 크게 내려가 있습니다. 그런데 이 리스트를 앞에 두면 질문은 다시 시작됩니다. “그래서 이 변화가 무슨 의미일까?” “이 중에서 진짜 중요한 신호는 무엇일까?” “어떤 분자가 이 변화를 조절했을까?” “결과적으로 어떤 기능이나 질환이 움직였다고 볼 수 있을까?” 오믹스 데이터 분석에서 어려운 지점은 데이터를 만드는 과정만이 아닙니다. 오히려 많은 경우, 진짜 고민은 그다음에 시작됩니다. 통계적으로 유의한 유전자 목록은 얻었지만, 그 목록을 생물학적 해석으로 연결하는 과정에서 막히기 쉽기 때문..

2026. 7. 16.

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인실리코젠 프로젝트: Mutational Signature, 유전자에 새겨진 흔적

새로 구매한 물건이나 자동차도 사용하다 보면 스크래치와 같은 흔적이 남듯, 우리 몸의 DNA 역시 매일 손상을 입습니다. 이러한 손상의 원인으로는 자외선, 흡연, 화학물질과 같은 외부 요인뿐 아니라 DNA 복제 과정에서 불가피하게 발생하는 오류 등이 있습니다. 이때 남겨지는 흔적을 mutational signature (돌연변이 시그니처)라고 하며, 이는 특정 돌연변이 과정이 세포 DNA에 남긴 독특한 ‘지문’ 또는 ‘서명’에 비유할 수 있습니다. 마치 범죄 현장에 지문이나 발자국, 신발 자국이 남듯, DNA에도 손상의 원인에 따라 일정한 변이 패턴이 기록됩니다. 예를 들어, 자외선에 과도하게 노출될 경우 C에서 T로의 연속적인 변이가 나타나고, 흡연의 경우 G에서 T로의 변이가 두드러집니다. Mutat..

2025. 9. 22.

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타고난 운동 DNA? 유전자와 운동 능력의 과학적 관계

운동 경기에서의 놀라운 기록들은 종종 선수들의 천부적 재능 때문이라고 여겨집니다. 하지만 이러한 운동 능력이 오롯이 타고난 재능에서 비롯된 것일까요? 최근 연구들은 유전자가 우리의 체력, 지구력, 심지어 운동 능력에까지 영향을 미친다는 점을 보여주고 있습니다. 일부 사람들은 스프린트나 마라톤과 같은 특정 스포츠에 유리한 유전적 특성을 가지고 태어나는 것으로 밝혀졌습니다.이러한 연구 결과를 바탕으로 유전자 검사를 통해 개인의 유전적 프로필을 분석하면 자신의 체력적 소질을 더 잘 이해하고 이에 맞는 맞춤형 운동 계획을 수립할 수 있습니다. 예시로, 유전적으로 높은 근력과 회복력을 가진 사람은 무게를 드는 트레이닝이 더 효과적일 수 있으며 뛰어난 지구력을 가진 사람은 장거리 달리기나 사이클링에 더 적합할 수 ..

2025. 3. 11.

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이기적 유전자 : 유전자를 통해 새롭게 보는 세상

과학 분야의 대표적 스테디셀러 중 하나인 『이기적 유전자』는 1976년 초판(원서 기준)이 발행된 영국의 생물학자 리처드 도킨스의 대표작입니다. 다윈의 진화론을 근간으로 유전자 단위의 진화를 학술적 제시가 아닌 대중을 대상으로 비교적 쉽게 쓴 책으로, 이후 개정판(1989)과 30주년 기념판(2006)을 지나, 현재는 40주년 기념판(2016)이 발행되었습니다. 이처럼 긴 세월의 검증을 거치며 세계적인 관심과 그 가치를 인정받았으며, 진화생물학의 새로운 패러다임을 제시했다고 평가되고 있습니다. 과학계의 고전이라 불리며 40여 년간 꾸준히 사랑받고 있는, 진화생물학의 필독 교양서 『이기적 유전자』를 소개합니다. 이기적 유전자(출처: 구글 Gemini 이미지 생성) 『이기적 유전자』는 크게 세 개의 문단으로..

2022. 8. 16.