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STORAGE

NGS 데이터 파일 형식 및 파일 형식 검증툴 소개

NGS 데이터는 처리하는 과정에서 다양한 형식의 파일이 생성됩니다. 그리고 각각의 분석 과정에서 지정된 데이터 포맷의 파일만 입력 파일로 활용할 수 있고 분석 결과는 지정된 포맷의 파일이 생성됩니다. 예를 들면 위의 분석 과정 중 alignment to genome 단계에서 자주 사용되는 bwa 이라는 분석 툴은 FASTQ 형식 파일을 입력 파일로 받아서 SAM 형식의 결과 파일을 출력합니다. 이렇게 분석 단계별로 입출력 파일 형식이 지정되어 있습니다. 대용량의 NGS 데이터를 분석하다 보면 예기치 못한 오류메시지를 보게 되는 경우가 종종 있습니다. 이런 때 의외로 데이터 파일 포맷이 올바르지 않아 프로그램에서 인식할 수 없다는 로그를 종종 보게 됩니다. 원인은 다양합니다. 우선 연구자가 임의로 만든 파..

2022. 11. 28.

NEWS

2022 한국미생물학회에 참가하다!

인실리코젠은 10월 30일(일)부터 11월 01일(화)까지 3일간 "A Superior Solution for Microbial Genomics and Microbiome"이라는 슬로건으로 제주 국제컨벤션센터에 참가하게 되었습니다. 한국미생물학회는 미생물에 관련된 다양한 주제에 대해 최첨단 미생물학 연구를 발표하고 토론하며 연사를 초청해 새로운 주제에 대한 세션을 진행합니다. 또한 학생과 과학자들이 발표 및 포스터 세션에서 과학적 발견을 발표할 수 있는 자리를 제공하는 학회입니다. 이번 2022 한국미생물학회는 인간 마이크로바이옴의 새로운 구성에 대한 획득 경로의 메타게노믹적 추론, 심층 인간 표현형에 기반한 맞춤형 의학, Anti-CRISPR 및 CRISPR-Cas 시스템의 공동 진화 등의 Plenar..

2022. 11. 22.

STORAGE

공공 SW 사업 제안요청서 변천 과정

제안요청서란? 공공 SW 사업을 수주하기 위해서, 제안자는 나라장터에 공공기관이 올려놓은 제안요청서를 확인하고 이에 대한 제안서를 작성하는 것으로 시작합니다. 제안요청서(RFP, request for proposal)는 발주자가 특정 사업의 수행에 필요한 요구사항을 체계적으로 정리하여 제시함으로써 제안자가 제안서를 작성하는데 도움을 주기 위한 문서입니다. 이런 제안요청서에는 해당 사업의 제목, 목적 및 목표, 내용, 기대성과, 수행 기간, 금액(Budget), 참가 자격, 제출서류 목록, 요구사항, 제안서 목차, 평가 기준 등의 내용이 포함되어 있습니다. 제안자는 이렇게 올라온 제안요청서를 숙지하여 이를 바탕으로 제안서를 작성하게 되는데, 제안요청서 내용이 구체적이거나 명확하지 않으면 제안서를 작성하기가..

2022. 11. 15.

NEWS

[교육행사] IPA Edu Festa with Insilicogen 2022 안내

---------- 신청은 아래 [신청하기 링크]를 통해서도 가능합니다. 2022년 11월 21일 온라인 세미나(인코 웨비나) : 신청하기 링크 2022년 11월 22일 (아주대) 워크숍 : 신청하기 링크 2022년 11월 23일 (대전 KOBIC) 워크숍 : 신청하기 링크 인실리코젠 iLab · 교육 서비스

2022. 11. 7.

STORAGE

식물과 미생물의 생존 본능, 지그재그 모델

식물은 외부 환경과 계속 노출되어 있지만 움직일 수 없습니다. 이런 상태에서 자신에게 접근하는 다양한 요인들을 판단해서 병원체의 경우에는 막아야 합니다. 기본적으로 큐티클층, 세포벽, 항균 물질 등 다양한 방어 체계를 가지고 있습니다. 하지만 이들이 뚫리게 되어 감염이 발생하고, 감염된 상황을 성공적으로 대처하지 못했다면 어떨까요? 식물체는 병들고 곧 죽게 될 것입니다. 예시 중 하나로 최근 몇 년간 딸기 농가를 괴롭힌 딸기 시들음병이 있습니다. 작년에만 대략 1,000억 원의 피해가 발생했다고 예측되었는데요, 이 병은 고온 환경과 함께 Fusarium oxysporum 이라는 토양성 곰팡이가 작은 곤충 등에 의해 딸기 뿌리에 생긴 상처를 통해 감염 증상을 일으킵니다. 하지만 식물의 입장에서 모든 요인을..

2022. 10. 31.

LIFE

인실리코젠 창립 제18주년 기념식

안녕하세요~! 인실리코젠이 벌써 창립 18주년을 맞이하였습니다. 창립기념일은 10월 1일이라 항상 날씨가 청명하고 가을의 정취를 느낄 수 있는 것 같아 좋은 것 같습니다. 한해 한해 성장해 나가는 회사의 모습을 보니 매우 뿌듯하고 자랑스러운 마음까지 듭니다. 최남우 사장님께서 올해의 슬로건을 바이오 빅데이터의 리더로 정해주셨는데요. 우보천리(牛步千里) 마보십리(牛步千里)라는 말처럼 천천히 우직하고 꾸준하게 생물정보 분야의 길을 걸어 나가는 인실리코젠이 되어야 하겠습니다. 이번에도 비대면으로 온라인 기념식을 진행하였는데요, 그 현장 속으로 함께 가보시죠~! 18주년 장기근속자 먼저 장기근속자에 대한 시상이 있었습니다. 평생직장이라는 개념이 사라진 요즘 시대에 열심히 한자리에서 묵묵히 5년, 10년 장기근속..

2022. 10. 20.

STORAGE

음악의 뇌과학

여러분은 음악을 좋아하시나요? 우리가 살아가는 일상에서 음악이라고 하는 예술은 쉽게 찾아볼 수가 있습니다. 이러한 음악이 우리의 뇌에 많은 영향을 끼친다는 사실 알고 계셨나요? 사람들이 게임이나 도박, 맛있는 음식 등에서 쾌락을 느끼는 것과 관련된 뇌 화학물질이 음악을 들을 때도 작용하며 뇌의 양쪽 반구를 활성화하고, 그들 사이에 새로운 연결을 만든다고 합니다. 이러한 이유로 음악을 통해 즐겁고 슬픈 감정을 느낄 수 있고, 시간을 통해 여행할 수 있게 해주며, 때로는 힘을 얻기도 하는 것입니다. 음악이 뇌에 미치는 영향 우리는 신나는 음악 혹은 좋아하는 음악을 듣게 되면 즐거움이라는 감정을 느끼게 됩니다. 그럼 음악을 들었을 때 뇌에서는 어떤 반응이 일어나는지 한 번 알아보겠습니다. 연구에 따르면, 뇌에..

2022. 10. 11.

STORAGE

생로병사의 비밀 : 자외선

무덥고 습한 여름은 시원한 야외로 떠나 야외에서 레저활동을 하는 시간이 많아지는 계절입니다. 사람들의 복장들은 가벼워지고 뭔가 자유로운 느낌이 들지만 다른 계절과 다르게 특히 더 신경 써야 할 것이 많아지는 계절이기도 합니다. 바로 여름과 함께 찾아오는 반갑지 않은 손님 바로 `자외선` 때문입니다. 자외선은 세계보건기구에서는 1급 발암 물질로 규정하고 있습니다. 이를 피하려고 자외선 차단제를 바른다든지, 그늘막을 위한 물건을 챙겨야 하는 등의 노력을 해야 합니다. 적당한 자외선 노출은 우리 몸에 좋은 영향을 주지만, 강한 자외선에 오래 노출될 경우 우리 몸에 쌓이는 독이 되어 병원에 가야 할 수도 있습니다. 이러한 자외선을 알아보고 몸에 주는 영향을 소개하고자 합니다. 먼저 자외선의 종류에 대해서 알아보..

2022. 9. 26.

LIFE

人CoINTERNSHIP 2022 하계 프로그램 후기

2012년부터 시작된 ㈜인실리코젠의 人CoINTERNSHIP이 벌써 13기 수료생을 배출하였습니다. COVID-19로 인해 많은 활동에 제약이 있고 어려움이 있었음에도 꾸준히 진행한 덕분에 벌써 13번째 기수가 인턴십을 성공적으로 마무리하였습니다. 총 4명의 인턴분들이 참여한 제13기 人CoINTERNSHIP! 각각 6주와 8주 동안 인턴십 분들이 경험하고 느낀 바를 바탕으로 작성한 생생한 후기들을 들어보도록 하겠습니다! 민태홍 (중앙대학교) 데이터 도출과 분석을 배운 시간! 인실리코젠 인턴십 지원서를 작성한 게 엊그제 같은데 벌써 후기를 쓰고 있으니 시간이 정말 빠르게 지나간 것 같다는 생각이 듭니다. 이전 기수와 달리 인턴분들이 4명 밖에 없어서 허전할 것 같았는데 오히려 더 빨리 친해지고 밥도 같이..

2022. 9. 13.

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개와 늑대의 시간(L'heure entre chien et loup) : 유전자로 보는 개와 늑대 차이

개와 늑대의 시간은 해 질 녘에 프랑스 양치기들 사이에서 유래된 프랑스어 표현으로 저 언덕 너머로 다가오는 실루엣이 내가 기르던 개인지, 나를 해치러 오는 늑대인지 분간하기 어려운 시간대를 나타냅니다. 그렇다면, 해 질 녘에 실루엣만 보고 개인지, 늑대인지 분간하는 게 왜 어려웠을까요? 정답은, 개와 늑대가 같은 생물 종(種, species)이기 때문입니다. 하지만 늑대는 개와 다르게 인간에게 전혀 다르게 다가오는 동물입니다. 개는 인간에게 도움을 주며 주변에 위협을 막아내지만, 늑대는 가축과 인간의 생명을 위협하는 존재이기 때문이죠. 이처럼 같은 생물 종이면서 전혀 다른 존재가 되어 버린 두 동물 사이에는 어떤 시간이 있었고 어떤 유전적 차이들이 있었던 것일까요? 개와 늑대와의 관계 현 분류학 기준에 ..

2022. 8. 29.