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NGS 데이터 분석을 위한 솔루션 : CLC Genomics Workbench

💡생물학 연구자가 CLC Genomics Workbench를 사용해야 하는 6가지 이유 1. 누구라도 쉽게 사용할 수 있는 사용자 친화적인 인터페이스 2. SIMD 기술을 적용한 초고속 NGS 데이터 분석 3. NGS 응용 연구 분야 분석 수행 4. 다양한 NGS 포맷 지원 (Sanger, Illumina, Ion Torrent, Helicos, PacBio, Roche 등) 5. CLC Main Workbench의 기능을 포함한 솔루션 6. 추가적인 프리미엄 모듈을 통한 metagenome 등의 분석 확장 DNA의 염기서열에는 생물의 형질을 포함하는 다양한 유전적 정보가 저장되어있습니다. 따라서, 염기서열을 분석하는 것은 다양한 생물학적 현상을 밝혀내는 데에 중요하게 작용합니다. 최근 Illumina,..

2022. 8. 9.

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HTML에서 실행하는 Python과 PyScript

PyScript란? Python은 현재 수많은 라이브러리와 오픈 소스를 통해 데이터 분석과 시각화 및 머신러닝, 딥러닝과 같이 인공지능 분야에서 활발하게 활동 중인 프로그래밍 언어 중 하나입니다. 그렇다 보니 python은 back-end 서비스에 더욱 최적화되어있다고 볼 수 있습니다. 추가로 Python의 특징인 쉽고 빠르다는 장점을 통해 data scientist, researcher, developer 등 다양한 직종에서 활용되고 있는 프로그래밍 언어입니다. "이렇게 훌륭한 프로그래밍 언어를 Browser에서 사용할 수 있다면 얼마나 좋을까?"라는 말은 꽤 오래전부터 나오던 이야기였는데 올해 PyCon 2022 conference에서 Anaconda가 많은 사람의 염원을 이루어줄 PyScript를 ..

2022. 7. 25.

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인실리코젠 프로젝트 : 한우가 당신의 식탁에 오르기까지, 소도체 기계화 품질평가 시스템

남녀노소 어른이나 아이 할 것 없이 즐겨 먹는 소고기! 미국에는 앵거스 비프, 일본에는 와규가 있다면, 한국에는 한우가 있어요. 한우는 세계에서 가장 오래된 한국 고유의 소품종으로 맛과 품질이 뛰어나 특별한 행사가 있거나 손님을 대접할 때는 꼭 한우를 먹게 되는데요. (맛으로 따지면 한우가 최고죠!) 2021년 3월에는 USA 투데이라는 미국의 일간지에서는 '한우가 지구상의 최고의 고기인 이유'라는 제목의 글을 실어, 한우의 위상은 더욱 높아졌는데요! 기사에서는 홍콩의 유명 셰프의 말을 인용하며 한우는 미국 스테이크처럼 기름기가 적고 와규만큼 기름진 것도 아닌 적절한 지방과 단백질의 배합으로 부드러우면서도 식감이 살아 있다고 전했습니다. 소고기의 풍미와 부드러움을 결정짓는 요소는 단백질과 지방의 비율이 ..

2022. 7. 11.

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질병 바이오마커 후보 발굴을 위한 빅데이터 활용 생물정보 분석 플랫폼

바이오마커는 DNA, RNA, 대사 물질, 단백질 및 단백질 조각 등에서 유래된 분자적 정보로써 질병의 발생 등으로 유발된 신체의 변화를 감지할 수 있는 지표로 정의되어 있습니다. 질병의 발생 및 진행, 치료 방법에 대한 약물 반응성을 객관적으로 측정하고 평가할 수 있어 질병의 조기 발견 및 예후 관찰, 개인별 맞춤 의료 기술 등 폭넓게 이용되고 있으며 1990년대 이후 오믹스 기술의 보급으로 바이오마커 개발 연구가 급증하였습니다. 질병은 결함이 있는 단백질 하나가 아닌 여러 개 이상의 단백질이 복합적으로 관련되어 있을 수 있으므로 유전자 발현(전사체: Transcriptome) 정보를 활용하여 특정 질환과 관련된 세포, 조직에서의 특정 유전자 발현 패턴 변화를 분석하고 정상 세포, 조직의 패턴으로 전환..

2022. 6. 27.

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[교육안내] 제46회 人CoSEMINAR - More effective and efficient routine testing for somatic/germline analysis and interpretation

이번 46회 人CoSEMINAR는 Qiagen Clinical Insight (QCI) 솔루션을 활용하여 보다 효과적이고 효율적인 Somatic/Germline 변이 분석 및 해석 방법을 소개하고자 합니다. 실시간 비대면 세미나로 진행하고자 하오니 많은 관심과 참여 부탁드립니다. [제46회 人CoSEMINAR / Webinar] 일시 : 2022년 6월 23일(목) 오후 3시 주제 : More effective and efficient routine testing for somatic/germline analysis and interpretation 내용 : Qiagen Clinical Insight (QCI) 솔루션을 활용하여 보다 효과적이고 효율적인 Somatic/Germline 변이 분석 및 해석을..

2022. 6. 13.

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대한진단유전학회 제17차 학술대회에 참가한 인실리코젠!

인실리코젠은 6월 9일(목)부터 10일(금)까지 이틀간 "Analyze Confidently with Precision and Clinical Interpretation"이라는 슬로건으로 용산 드래곤시티에서 개최되는 2022 대한진단유전학회에 참가하였습니다. 대한진단유전학회는 유전질환 관련 검사 및 분자 기법을 이용한 진단의학검사 분야에서의 학술교류, 연구발표, 교육 등의 사업을 통하여 유전검사 및 분자진단 분야의 발전을 위해 2006년 설립된 학회입니다. 이번 제17차 학술대회는 국내 광범위 신생아 선별검사의 현황과 전망, 국가 바이오 빅데이터 사업 전장 유전체 분석, 혈액 종양 NGS, 마이크로바이옴 NGS, ctDNA 검사, 유전 상담 등의 주제로 열렸습니다. 이번 학술대회에는 한국로슈진단, 녹십자..

2022. 6. 10.

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[교육안내] 제45회 人CoSEMINAR - Systems analysis of cancer cell lines for drug target discovery using OmicSoft Lands and IPA

이번 45회 人CoSEMINAR는 OmicSoft Lands 및 IPA를 활용하여 약물 표적 발견을 위한 암 세포주 분석 케이스 스터디에 대한 내용으로 진행하고자 합니다. 실시간 비대면 세미나로 진행하고자 하오니 많은 관심과 참여 부탁드립니다. [제45회 人CoSEMINAR / Webinar] 일시 : 2022년 5월 26일(목) 오후 3시 주제 : Systems Analysis of cancer cell lines for drug target discovery using OmicSoft Lands and IPA 내용 : 약물 발견, 정밀 질병 모델링, 암의 유전자 기능 이해, 면역 종양학 연구와 같은 다양한 응용 분야에 적합한 암 세포주 선택 가설을 생성하고 in-silico로 테스트하여 세포주 모델에..

2022. 5. 18.

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인실리코젠 프로젝트 : 실종아동 찾기

세상에는 많은 이별이 있습니다. 연인과의 이별, 사랑하는 반려견과의 이별, 친구와의 이별... 가끔 유튜브의 알고리즘에 의해 강아지들이 무지개다리를 건너고 주인들이 슬퍼하는 영상을 보게 되는데요... 어느샌가 따라 울고 있는 저 자신과 마주하곤 합니다...😢 모든 이별은 가슴 아프지만 가장 가슴 아픈 이별은 가족이, 그중에서도 자녀가 실종되어 생사도 모르는 경우가 아닐까요? 지하철이나 거리를 걷다 보면 “실종자를 찾습니다” 같은 전단을 종종 보곤 합니다. 또, 도로에서 자주 보았던 “실종된 OOO를 찾아주세요” 현수막을 보면 안타까울 때가 많았던 것 같습니다. 21년 4월 말 기준으로 장기 실종아동의 수는 840명이며, 이 가운데 20년이 넘었지만 찾지 못한 경우는 663명으로 전체의 78.9%입니다. ..

2022. 5. 16.

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COVID-19와 임상시험

중국 후베이성 우한시에서 처음 확인된 SARS-CoV-2의 감염증인 COVID-19는 2019년 12월 전 세계 최초로 발생하였으며, 2020년 1월 19일 중국 우한시에서 국내에 입국한 중국 국적의 35세 여성(중국 우한시 거주)이 국내 최초로 확진되었습니다. 이후 세계보건기구는 2020년 1월에 국제적 공중보건 비상사태를 선언하였고, 3월에는 팬데믹 즉 세계적 범유행으로 격상시켰습니다. 이후 2년여간 전 세계는 COVID-19와의 치열한 싸움을 지속하였고 현재도 그 싸움은 끝나지 않고 진행형입니다. 최초 팬데믹 이후 감염병 전문가들은 팬데믹을 막을 수 있는 유일한 무기로 백신을 꼽았으며, 이러한 백신을 개발하기 위한 많은 노력과 비용을 치르게 되었습니다. 그 결과 2020년 12월 18일, 미국 식품..

2022. 5. 2.

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[교육안내] 제44회 人CoSEMINAR - Advancing drug discovery with organoid data analysis using IPA Analysis Match and OmicSoft

이번 44회 人CoSEMINAR는 IPA Analysis Match와 OmicSoft를 활용한 질병 및 약물 치료 메커니즘 관련 케이스 스터디에 대한 내용으로 진행하고자 합니다. 실시간 비대면 세미나로 진행하고자 하오니 많은 관심과 참여 부탁드립니다. [제44회 人CoSEMINAR / Webinar] 일시 : 2022년 4월 28일(목) 오후 3시 주제 : Advancing drug discovery with organoid data analysis using IPA Analysis Match and OmicSoft 내용 : 실험 결과 데이터셋에 영향을 받는 패스웨이의 신속한 식별 및 연구 질병 및 약물 치료의 생물학적 메커니즘 확립 관련 임상 연구 공개 데이터와 관심 데이터 세트를 비교한 강력한 가설 ..

2022. 4. 21.